国际高等研究所（UTIAS）
学術の卓越性の向上および研究環境の国際化を推進するため、世界のトップレベルの研究機構を置く全学组织として、2011年1月に設立。
东京カレッジ
东京カレッジ（Tokyo College）は、東京大学が世界の志ある人々と共に地球と人類の未来のあるべき姿を考え、その実現に向けて行動するための新たな组织として2019年2月に設置された。「発見の喜び、知の力の共有」を活動の中心理念に据え、「2050年の地球と人類社会」というテーマに中長期的に取り組む。この理念のもと、「デジタル革命と人類の未来」、「学際的アプローチによる地球の限界への挑戦」、「内から見た日本、外から見た日本」、「2050年の人文学～世界哲学、世界史、世界文学～」、「生?命（いのち）の未来」という重点テーマを設定し、国内外の卓越した研究者?知識人や、将来有望な若手研究者を受け入れ、セミナー、一般講演会や分野横断的な共同研究を行う。東京大学の構成員との協働の中で、未来社会を切り拓く分野横断の連携や新たな研究領域の開拓を目指すとともに、ここで生まれた知を広く社会に届けることを目指している。
カブリ数物连携宇宙研究机构
カブリ数物连携宇宙研究机构（Kavli Institute for the Physics and Mathematics of the Universe:略して Kavli IPMU）は、現代基礎学の最重要課題である暗黒エネルギー、暗黒物質、統一理論（超弦理論や量子重力）等の研究を数学、物理学、天文学の連携により推進し、宇宙の起源と進化の解明を目指す融合型研究拠点として「世界トップレベル研究拠点プログラム（WPI）」 に採択され、2007年10月に数物連携宇宙研究機構として発足。2011年1月11日に国际高等研究所に置く研究機構の第一号に決定された。2012年4月1日米国 Kavli 財団から獲得した基金により、ハーバード、MIT、ケンブリッジ等世界の他の有力大学におかれた研究所と伍する冠研究機構となり、「世界を担う知の拠点」を目指している。
ニューロインテリジェンス国际研究机构
ニューロインテリジェンス国际研究机构（IRCN：International Research Center for Neurointelligence）は、生命科学、医学、言語学、数理科学、情報科学が融合した新たな学問分野“Neurointelligence”を創成し、「ヒトの知性の本質理解」、「神経回路の障害に起因する精神疾患の克服」、「脳の作動原理に基づく新たな AI の開発」を通じて、より良い未来社会の創造に贡献する融合型研究拠点として、Kavli IPMU に続く本学で2番目の WPI 拠点に採択され2017年10月に発足した。機構長のリーダーシップのもと、優れた研究環境と極めて高い研究水準を誇る「目に見える研究拠点」を目指している。
新世代感染症センター
東京大学新世代感染症センター（UTOPIA：The University of TOkyo Pandemic preparedness, Infection and Advanced research center)は、次のパンデミックから世界を救うため、新世代の感染症、免疫、ワクチンに関する基礎研究と革新的な技術の創出を目的に、新次元の多分野融合研究のコアとなる世界トップレベルの研究者を、感染症に加えて免疫学、構造生物学、AI、社会科学等の様々な研究分野から集結させるとともに、海外機関等とのネットワークを構築し、「ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業」においてフラッグシップ拠点として採択され2022年10月に発足した。最先端の感染症研究を遂行するとともに、有事には迅速に有効かつ安全なワクチンと治療薬を提供するシステムの構築を目指している。
（令和6年度）
