历史上曾被称为“驹场野”,驹场校区曾是第八代德川将军吉宗 (18世纪初)狩猎的场所。这一校区的部分区域也曾是当时的药草园。狩猎区域占地50公顷,包括了现今的驹场公园,先端科学技术研究中心和其他一些地区。天然泉水的涓涓细流声唤醒了古老的武藏野(东京西部)风景。
到了明治时期,在1878年 (明治11年),驹场农业学校在这里建立。驹场农业学校是如今东京大学农学部和其他一些农业项目的前身。这所学校后来改名为东京帝国大学农学部。
农学部的一些建筑毁于第二次世界大战的战火中,而幸存下来的建筑后来也被拆掉了。这样,二战前农学部的建筑现今都不复存在了。然而,驹场校园中郁郁葱葱的珍稀古树依然记载着那段历史。
在1935年(昭和10年)东京帝国大学与毗连本乡校区的日本第一所高等学校达成一项土地交换协议。因此,农学部被迁移到现在的所在地,而日本第一所高等学校则迁到驹场校区现址。
战后,日本第一所高等学校被并入东京大学。因此驹场校区归属于东京大学,随后综合文化学部和其他很多项目都在这个校区设立。